إيمانا من المؤسسة بأن استمرارية العمل والأنشطة المختلفة لهذا تقوم على إيجاد دعم دائم، وميزانية لهذه المشاريع، لذا فإنها أوجدت قسم الأوقاف ، والذي يتولى استقبال الأوقاف والتبرعات لشراء الأراضي الوقفية والمحلات التجارية الوقفية.
وقد بدأ القسم بشراء أراضي زراعية ، وأراضي لأشجار جوز الهند. يصرف ريعها لمشاريع وأنشطة المؤسسة.
والمؤسسة تستقبل أي مبلغ للمساهمة في أوقف المؤسسة.